الكيمياء الصيدلية هي مجال متداخل يجمع بين الكيمياء العضوية التخليقية والصيدلة وعلم الأحياء الدقيقة والكيمياء الحيوية والكيمياء الفيزيائية والحاسوبية. وهي تهتم بعملية اكتشاف المركبات العلاجية وتطويرها بدءاً من تحديد الهدف وإيجاد المركب الرئيسي واستكشاف العلاقة بين البنية والنشاط لتحسين المركب الرئيسي باستخدام تقنيات مختلفة مثل الفحص في السيليكو والتحقق من الأنتاجية العالية. أيضا فإنه ينطوي على دراسة الخصائص الدوائية/الصيدلانية المتعلقة للعوامل النشطة الصيدلانية المختلفة واستراتيجياتها التركيبية والعالقة بين النشاط والبنية الخاصة بهذه الأدوية. كذلك يهتم علم الكيمياء الصيدلية بتعريف وتحديد تركيز الدواء في أشكال دوائية مختلفة وكذلك في السوائل البيولوجية مثل البلازما والمصل والبول. يقدم القسم بالأضافة الي درجة البكالوريوس برنامجاً للدراسات العليا للحصول علي درجة الماجستير واخر للحصول علي درجة الدكتوراه في العلوم الصيدلية )كيمياء صيدلية(. وبذلك يساهم القسم في تقديم بحوث متميزة في مجال الكيمياء الصيدلية وتوفير فرصاً للصيادلة المؤهلين للقيام بأبحاثهم في عديد من المجالات. يقوم القسم مع باقي -اقسام الكلية- باعداد صيادلة يعملون في كافة أرجاء جمهورية مصر العربية وخارجها ويقدمون الخدمات الصيدلية والصحية للمواطنين في كافة المجالات والقطاعات.
