تأسس القسم مع نشأة الكلية سنة 1996 تحت مسمى (العقربازين والسموم) وفي سنة 1999 تم تعديل المسمى إلى المسمى المعروف حالياً وهو قسم الأدوية والسموم. يدرس القسم علمين: علم الأدوية: يهتم علم الأدوية بدراسة أنواع الأدوية المختلفة ودراسة آليات تأثير كل دواء وأسباب استعمالاته العلاجية وكذلك الآثار الجانبية والتفاعلات المحتملة مع الأدوية الأخرى. كما يهتم بعلم الأدوية السريري ودراسة التطبيقات العلاجية للأدوية وكيفية اختيار الأنسب منها في حالة تعارضها مع بعضها البعض أو تعارضها مع وظائف الجسم أو الحالة المرضية للمريض. علم السموم: هو علم يختص بدراسة الآثار الضارة للأدوية والمواد الكيميائية وكيفية حدوث التسمم بهذه المواد وطرق الوقاية والسيطرة على مضاعفات التسمم وأعراضه وكيفية علاجه والوقاية منه. يتيح القسم العمل في العديد من المجالات البحثية حيث يوفر معامل مجهزة بأجهزة حديثة للقياسات المختلفة، ويمتد النشاط التدريسي والبحثي للقسم إلى بعض كليات الصيدلة التابعة للجامعات المصرية والعربية في مجالات مختلفة، وتتنوع المجالات البحثية لتشمل علاج تليف الكبد، والعلاج الكيميائي، وعلم الأدوية العصبية، وعلم أدوية البروستاتا واضطرابات التبويض، وعلم أدوية مرض السكر وقصور الدورة الدموية، وعلم السموم البيئية.