عتبر قسم الميكروبيولوجيا والمناعة من أهم الأقسام فى الكلية التي تقوم بالتدريس لطلاب المرحلة الجامعية الاولى (برنامج الصيدلة الكلينيكية - الفارم دى) و المشاركة في تنمية مهاراتهم المختلفة والتى تشمل مهارات التعلم الذاتي وعقد السمينارات و المشاركة في المؤتمرات0 ويقوم القسم بنشر المعرفة الأساسية فى علم الأحياء الدقيقة، وعلم الوراثة الميكروبية، وعلم المناعة، وعلم الطفيليات، والتكنولوجيا الحيوية، والأمراض الميكروبية وكيفية علاجها ومنع انتشارها. وعلي مستوى الدراسات العليا أيضا فان القسم يقدم برامج متميزة للحصول على درجة الدبلوم والماجستير والدكتوراه فى العلوم الصيدلية )الميكروبيولوجيا والمناعة) الى جانب برامج بحثية متطورة تهدف الى اعداد طلاب يساهمون فى تطبيق الأسلوب العلمي الصحيح 0 يحرص قسم الميكروبيولوجيا والمناعة دائما علي المساهمة مع الأقسام الأخرى فى تخريج الصيادلة المؤهلين تأهيلا عاليا لمواكبة التطورات المستمرة في متطلبات سوق العمل و القادرين على المنافسة محليا و اقليميا و دوليا.