تعتبر كلية الطب النواة الأولى لجامعة المنصورة. في عام 1962 صدر القرار الجمهوري بقانون رقم 1947 بإنشاء كلية طب المنصورة تابعة لجامعة القاهرة ويكون مقرها مدينة المنصورة. أشرف على إنشاء الكلية وتولى الإدارة بها في ذلك الوقت الأستاذ الدكتور إبراهيم أبو النجا. بدأت الدراسة بالكلية في العام الجامعي 1962-1963 في أحد مباني مدرسة المنصورة الثانوية للبنين. في العام 1967-1968 صدر قرار وزاري بنقل تبعية مستشفى المنصورة الجامعي إلى كلية الطب ليصبح مستشفى جامعيا اعتبارا من العام 1968-1969.